Pada tahun 1975, SMP Mutiara Singaraja didirikan oleh group dokter yang diketuai dr. I Ketut Nurija. Tanah tempat berdirinya sekolah SMP Mutiara pada mulanya adalah tanah Palang Merah Indonesia. Semenjak tanah tersebut diserahkan kepada Yayasan Mutiara, maka dibangunlah SMP Mutiara yang pada awalnya hanya SD Mutiara Singaraja.Adapun yang pernah menjabat sebagai Ketua Yayasan Mutiara adalah sebagai berikut:
1. dr. Nurija (1975-1989)
2. dr. Budiarta (1989-2002)
3. Putu Legawa (2002-Mei 2005)
4. dr. Made Mahayasa
5. dr. Komang Tini Wahyuni
6. Gede Arba Dana, SH